Емил Кабаиванов е роден на 21 януари 1961 г. в Стара Загора. През 1987 г. завършва Висш медицински институт – Пловдив, а от 1999 до 2001 г. специализира в Югозападния университет “Неофит Рилски” в Благоевград, където завършва магистратура по икономика. По същото време специализира и във Висш медицински институт – София и завършва здравен мениджмънт. От 1999 до 2003 г. е Председател на общински съвет – Карлово. Кмет на община Карлово е от 2003 г.